Silikoniruokailukupit ovat hygieniassa parempia kuin muoviset ruokailukupit. Muovikuppien puhdistaminen voi olla turhauttavaa, koska saastat voivat aiheuttaa ongelmia. Tahrat, hajut ja naarmut ovat esimerkkejä siitä, kuinka tiiviisti hiukkaset voivat tarttua kovaan pintaan, mikä tekee niiden poistamisesta vaikeaa. Tämä ei kuitenkaan ole ongelma silikonikuppeja käytettäessä. Silikonikuppia ei tarvitse puhdistaa suuressa tilassa. Ne voidaan jättää lämpimään astiaan kastumaan, laittaa pesukoneeseen tai antaa kuivua ilmalle. Nämä menetelmät takaavat, että ruokailun jälkeen kupit ovat täysin puhtaat. Ellei ole hygieniatarkka, mukavuus ja helppo puhdistus pitäisi riittää syynä vaihtaa muovikuppeista silikoniruokailukuppeihin.